План был основан на хитроумном, но неестественном замысле — разрушении корабля. Его придумал Аникет — новый префект Мизенского флота и воспитатель Нерона в годы его отрочества. Непредсказуемость моря могла оправдать любые неблаговидные поступки, поэтому Нерон пригласил Агриппину присоединиться к нему в Байях на праздновании в честь Минервы. Он поселил мать на прекрасной вилле, у берега стоял на якоре отличавшийся нарядным убранством корабль. Тем вечером в собственном дворце он устроил великолепный, надолго затянувшийся ужин. Затем он проводил Агриппину до пристани, где она должна была сесть на корабль и вернуться домой. Ясная лунная ночь грозила разрушить план, но отступать было некуда. На безмятежно-спокойном море, отражающем миллионы звезд, произошел «несчастный случай». Тяжелые свинцовые плиты, специально установленные в потолке, обрушили каюту корабля. Были жертвы, но Агриппине удалось избежать смерти. Августу и ее служанку защитили высокие стенки ложа. Обе упали в море. Служанка по имени Ацеррония кричала, что она Агриппина, и просила о помощи. Матросы, подкупленные Нероном, насмерть забили ее веслами. А мать императора, «сохранявшая молчание и по этой причине неузнанная», поплыла к берегу. Ее спасла рыбацкая лодка, которая доставила ее на виллу, где миролюбие ее покинуло. Она все поняла.
Агриппина уведомила сына об ужасном «несчастном случае» и о своем спасении. Нерон уже знал, что мать выжила, и по этой причине был в панике. Он призвал для совета Сенеку и Бурра, но Аникет опять взял инициативу в свои руки. Когда прибыл посыльный от Агриппины, Нерон подбрасывает ему под ноги меч и тут же приказывает его арестовать по подозрению в покушении. Аникет в сопровождении нескольких человек отправился в дом Агриппины. Подойдя к нему, он разогнал собравшуюся толпу любопытных зевак, затем убил всех рабов, которые стояли между ним и спальней, в которой в полутьме ждала Агриппина с единственной служанкой. В мерцающем огне ламп горящий жаждой мести Аникет подошел к своей жертве. Служанка убежала, но Агриппина держалась твердо. «Я знаю, что мой сын ни при чем, — сказала она. — Он не отдавал приказа убить свою мать». Удар палкой по голове заставил ее замолчать. Потрясенная, но, по рассказу Тацита, оставаясь хозяйкой положения, осведомленная в том, как подобает умирать римлянам, она кладет руки на живот. Последними словами Агриппины были: «Поражай чрево!» Вслед за этим градом посыпались удары.
Нерон впервые в жизни увидел сон — дурной, зловещий сон: по словам Светония, беспокойной участью тирана является возмездие за грехи. Императору было двадцать два года. Его биографы ничего не говорят о раскаянии. Хотя совесть мучила Нерона так, что он призывал магов, пытаясь вызвать дух умершей и вымолить прощение, он не вымолвил ни единого слова сожаления. Когда, приблизительно в 64 году, Нерон впервые выступал на римской сцене, в его репертуар вошла песня, которую Светоний называет «Орест-матереубийца». В ней говорится об убийстве Клитемнестры ее сыном, Орестом. Факт ее исполнения свидетельствует о нормах морали того времени, а также о провале политики Сенеки и Бурра, которая заключалась в разделении нравственного публичного облика Нерона и его порочной личной жизни. Через год после убийства Агриппины появление на небе кометы было истолковано как предзнаменование смены правителя. (Была предложена кандидатура Рубеллия Плавта, потомка Тиберия, но Нерон потребовал его изгнания, а позже убил.) Возможно, античные авторы выдумали небесный феномен, чтобы подчеркнуть непригодность Нерона как принцепса и продемонстрировать, что в большой семье императора есть люди, способные его заменить. Если так, то время для этого еще не подошло. Власть Нерона все еще оставалась крепкой. Со смертью Агриппины, ожидающей своего увековечивания Генделем, он развелся с Октавией по надуманной причине супружеской измены и бесплодия. (Хотя десятилетний брак с Октавией не принес детей, очевидным объяснением была отнюдь не ее неспособность к зачатию. На помощь опять пришел Аникет, который подтвердил вымышленное обвинение в прелюбодеянии.) Нерон сослал ее на остров Пандатерию и здесь приказал убить. Затем он женился на Поппее. Император даровал ей титул «Августа», у них родилась девочка, которая вскоре умерла. Поппея тоже умерла в 65 году после выкидыша и нескольких внутренних кровотечений. Источники поддерживают версию, что в ее смерти, а также в выкидыше, виноват сам муж. Разгневавшись на Поппею, когда та стала упрекать его за позднее возвращение со скачек, Нерон несколько раз ударил ее ногой в живот. Его репутация позволяла сделать такое предположение.
Самой вероятной причиной смерти Бурра в 62 году был рак горла. Убив свою мать и брата, Нерон не мог надеяться избежать обвинения в отравлении. Префектами претория после Бурра стали Фений Руф совместно с Гаем Софонием Тигеллином. Фений Руф имел репутацию честного человека, эффективно справлявшегося с организаций поставок зерна в Рим. Тигеллин оказался доминантной фигурой, несмотря на… а возможно, благодаря значительной неприязни со стороны сената. После их назначения, утверждает Тацит, «благопристойность и порядочность стали цениться меньше… теперь Нерон прислушивался к бесчестным советникам», а Сенека попросил Нерона позволить удалиться от дел, предложив ему свое состояние. Нерон отклонил и просьбу, и предложение, хотя заявление о нездоровье со стороны Сенеки было равнозначно отставке. Император стал более зависеть от Тигеллина, чем от прежнего наставника, а это был человек, чьи интересы, как и Нерона, сосредоточивались на невоздержанности в управлении государством. Изменение политического курса завершилось женитьбой принцепса на Поппее. Новая императрица имела склонность к великолепию и пышности: ее похороны вызывали ассоциацию с восточным понятием о божественной природе монарха, несвойственной ранним годам правления Нерона. В стиле управления империей Нероном можно распознать поворотный момент, он произошел в 62 году. Принцепс окончательно распрощался с прошлым. Это был год смертей Палланта и бывшего любовника Нерона — Дорифора. Обоих, по утверждению Тацита, приказал отравить император. Предзнаменованием возрождения судов по обвинению в оскорблении величия (предательстве) послужило изгнание человека по имени Авл Дидий Галл Фабриций Вейентон, написавшего остроумно-оскорбительную книгу, в которой он включил Нерона в число персонажей, подвергавшихся язвительным нападкам. В этом случае Вейентону удалось сохранить жизнь. Но настроение на Палатинском холме менялось не в лучшую для императора сторону. Сенат наблюдал за всем этим с беспокойством.